Como ya sabrás, la Comunidad de Madrid ofrece una beca infantil (modelos 140 y 233).
La respuesta es que sí, puedes pagar el importe que corresponda, aplicando exención fiscalidad a la suma final.
Lo que hace la beca, es reducir el precio que tienes que pagar por la guardería cada mes. Dicho esto, el importe que finalmente te corresponda pagar, no tiene límite de exención fiscal.